Markus Bräuer ist seit 2007 der Medienbeauftragte des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland und seit 2018 auch Theologischer Vorstand im Gemeinschaftswerk der Evangelischen Publizistik. Als Leiter des Geschäftsbereiches Rundfunk, Film und Kommunikation verantwortet er unter anderem die evangelischen ZDF-Gottesdienste, die Andachten und Gottesdienstübertragungen im Deutschlandradio sowie die Sendungen der EKD auf SAT.1, Pro7 und RTL.  Er ist Mitglied im Medienbeirat von RTL und in verschiedenen Gremien des Jugendmedienschutzes.